794年、平安京遷都に際し桓武天皇の勅願により京都の守護神として奈良・平安時代初期に悲運のうちに薨じた祟道天皇（早良親王）を現在の社地に祀ったのが始まりであります。その後、合祀され貞観5年（863年）5月神泉苑に六所の神座を設け、悪疫退散の御霊会を勅修せられ、のちに火雷神と吉備大臣を併祭されるに至り、世に八所御霊、又は八所御霊大明神と称え奉られ、さらに明治14年には祭神五柱が追祀されました。